两者的创办者不同：

民办的本科高校由民办企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人创办。

公办的本科高校由国家政府部门创办。

两者的资金和经费来源不同：

民办的本科高校的.资金和经费来自私人经费，属于非国家财政性教育经费。

公办的本科高校的资金和经费基本全部来源于政府的财政拨款。

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